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La localizzazione dei punti e gli effetti dello Shiatsu sono basati sulla conoscenza della anatomia e della fisiologia.
Questi punti agiscono su tutti i sistemi del corpo incluso il sistema tegumentario, Muscolare, Nervoso, Circolatorio, Scheletrico, Endocrino, nonché quello Digestivo.

La pressione Shiatsu Namikoshi si effettua prevalentemente con il pollice e, in alcuni casi, con il palmo della mano.
La pressione viene eseguita utilizzando unicamente il peso del corpo di chi opera e sempre perpendicolarmente rispetto al punto trattato.
In questa maniera si ha una pressione uniforme e si evitano fastidi e dolori che possano derivare da un errato utilizzo della forza delle dita da parte dell'operatore.